Zatoichi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients à la clinique. Mais Zatoichi est à plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger à conditions qu'ils l'aident à se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoichi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant à libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin...

Enfant, O'Kin est gravement blessée et défigurée par le Seigneur Daizen-dayu qui cherche à mettre la main sur un sabre légendaire détenu par la famille de la jeune file. Devenue adulte et épéiste de talent, O'Kin va recroiser la route de Daizen-dayu...

Resumen de la primera temporada de la serie, como se ve desde la perspectiva de Rikka con nuevos elementos.